Der Oberschüler Conan Edogawa trifft bei einem seiner vertrackten Fälle auf eine zwielichtige Gruppe, die ihm Gift einflösst, und - schwupps - steckt er in dem Körper eines Sechsjährigen. Alles ganz schön schwierig, denn nun braucht er ein Zuhause, muss wieder in die Grundschule gehen und das winzige Problem mit seiner Freundin, die noch nichts von seiner neuen Statur weiss, müsste er auch noch klären. Nebenbei will er natürlich seine gut gehende Sherlock-Holmes- Karriere auch nicht aufgeben. Denn Kriminalfälle sind sein Leben ...